O sintoma mais freqüente é a dismenorréia progressiva, ou seja, a dor associada ao período menstrual que com o passar do tempo tem a sua intensidade gradativamente aumentada. A dor no baixo ventre (dor pélvica) também é comum, sendo muitas vezes desencadeada ou agravada no momento das relações sexuais (dor conhecida como dispareunia). Entretanto, é grande o número de mulheres afetadas pela endometriose que não apresentam qualquer tipo de queixa.
Não raro o diagnóstico se dá justamente no momento em que o casal está buscando uma explicação do motivo pelo qual não está conseguindo engravidar. A classificação da doença tem pouca correlação com a dor da paciente. Mulheres com apenas pequenos focos de endometriose podem referir acentuado desconforto, enquanto portadoras de graus severos podem ser completamente assintomáticas.