Existem várias teorias que tentam explicar porque algumas mulheres são acometidas pela endometriose e outras não. Nenhuma conseguiu ainda esclarecer todos os tipos de casos. A tese mais aceita é a que se baseia na “menstruação retrógrada”, na qual o fluxo menstrual, além de se exteriorizar pela vagina, reflui através das trompas para o interior da pelve ocasionado o implante de células endometriais nestas regiões.
Outra hipótese aventada é a do desenvolvimento do tecido endometrial fora do útero, no período da embriogênese, ou seja, bem antes do nascimento, quando o bebê está formando seus órgãos. Também foi cogitado que os fragmentos viajariam pelo corpo humano através de vasos sanguíneos ou linfáticos. Em verdade, ainda não foi possível explicar e documentar com certeza o mecanismo de origem desta patologia.