A endometriose freqüentemente acomete órgãos nas proximidades do útero. As trompas e os ovários são comumente afetados. Os órgãos situados no interior do abdome e a própria superfície abdominal interna são revestidos por uma fica camada transparente chamada peritônio, também sede comum de focos de endometriose. Em alguns casos verifica-se a ocorrência da doença nos intestinos e na bexiga. Embora rara, a endometriose pode ser encontrada em sítios mais distantes do útero, como é o caso de endometriose na pele, geralmente na região do umbigo, e no pulmão.